Gampong ini dinamakan dengan Gampong Paya Tunong karena dilatar belakangi oleh sebuah Gampong Paya Baroh di sebelah utara Gampong Paya Tunong. Saat pendirian sebuah gampong terjadi pemilihan nama untuk gampong yang akan didirikan pada saat yang bersamaan ada dua gampong yang akan didirikan dan menurut arah mata angin yang menjadi acuan kehidupan masyarakat saat itu, maka dua gampong tersebut terletak di dua bagian yaitu terbentang dari selatan hingga ke utara, selatan dalam bahasa aceh disebut Tunong sedangkan utara di sebut Baroh. Pada saat itulah Tunong menjadi pilihan tokoh masyarakat dan masyarakat pada saat itu, karena desa ini terletak di bagian selatan. Sedangkan nama Paya adalah sebutan untuk rawa dalam bahasa Aceh. Paya atau rawa adalah dataran rendah yang ditumbuhi pohon rumbia dalam jumlah besar dan biasa terletak di pinggiran sawah. Hal ini terbukti sampai saat ini di kawasan desa Paya Tunong masih ada Paya tempat tumbuhnya Rumbia, begitu juga dikawasan utara atau Gampong Paya Baroh masih terdapat juga Paya yang sedemikian rupa walaupun tidak seluas dulu. Terbentuknya Gampong Paya Tunong atas prakarsa tokoh masyarakat saat itu yang bijak dalam mendirikan gampong dan di berikan nama atas dasar pertimbangan bahwa gampong tersebut terletak di rawa bagian selatan atau Tunong sehingga Paya Tunong menjadi pilihan sebagai gampong tersebut, sesuai keinginan masyarakat saat itu. Dengan lahirnya Gampong Paya Tunong yang didasari keinginan masyarakat yang kuat untuk membentuk sebuah pemerintahan gampong dengan penuh rasa hormat dan tanggung jawab untuk mewujudkan gampong yang sejahtera dan islami yang harus dijaga sampai kapanpun hingga ke anak cucu sekarang. Sampai saat ini tidak ada penjelasan yang rinci lainnya tentang bagaimana pemberian nama gampong Paya Tunong. Sampai Saat ini gampong Paya Tunong menjadi gampong yang aman nyaman dan tentram, dan juga menjadi gampong yang sangat strategis di Kecamatan Bandar Dua dengan lahan pertanian yang menjanjikan.